九阴真经手游的故事背景取明朝初年，中原政权稳定，这个时期的江湖，不再仅仅是军队作战的附庸，武学得到空前崇尚，各门派林立、广召弟子，一个自由、鼎盛的江湖逐渐形成。与江湖繁荣形成鲜明对比的是皇权的集中，帝王势力逐渐达到顶峰，东厂、锦衣卫设立，成为有别于旧江湖实力的新兴力量。明太祖朱元璋性格多疑，登基后正两兴大狱，诛杀功臣，为控制日益兴盛的江湖势力，暗自布下众多锦衣卫隐入江湖，搜集天下武学编撰武定籍。

　　随着太祖去世和朱棣夺位，九阴真经等武学秘籍因此流落江湖，一时间，江湖风波暗涌，各势力纷纷觊觎无上武学，一阵新的血雨腥风无可避免。与此同时不仅是传统武学发生了演变而为之精进，还涌现出了以专克中原武学的西域武学，及逆修任督的燕门密宗等诸多势力，自此绚烂多彩的明朝武林展开序幕。

　　武当、少林、峨眉、锦衣卫、唐门、丐帮、君子堂、极乐谷为九阴真经端游中耳熟能详的八大门派，同时还有很多江湖门派以及江湖势力的存在，九阴真经摒弃了战法牧的模式，游戏中不会存在战士、法师、牧师这样的职业，并且人物角色没有等级，各个门派之间的武学和内功也是各具特色，并且游戏中的武学又分为两类：门派套路和江湖套路。

　　门派套路：顾名思义，就是加入门派后满足一定的条件即可学习的套路，容易获得，此类套路循序渐进，拥有流派传承，并且鲜明的反应了门派的风格特色。江湖套路：唯有在江湖中才能获取，获得难度比较高，需要通过奇遇等途径才能获得，但是江湖套路效果多种多样，风格迥异，并且套路的威力和效果普遍较好。九阴真经中的内功和武学套路是相互匹配的，想要发挥出武学套路的最大威力，需要修炼与之相匹配的内功。